Ο Άγιος Παΐσιος τελικά προσβλήθηκε από καρκίνο και νοσηλεύθηκε σε νοσοκομείο της Θεσσαλονίκης.
Στο νοσοκομείο φρόντισαν το Γέροντα όσο μπορούσαν καλύτερα. Ο καρκίνος, όμως, προχώρησε τόσο, πού το τέλος ήταν πολύ ορατό.
Η αναχώρησή του για τους ουρανούς ήταν ζήτημα χρόνου. Γι΄αυτη την αναχώρηση, για την οποία προετοιμαζόταν σε όλη του τη ζωή, ήθελε να αφιερώσει και τον υπόλοιπο χρόνο της ζωής του στο μοναστήρι του Αγίου Ιωάννου του Θεολόγου Σουρωτής. Ο μακαριστός Χριστόφορος Οικονόμου ήταν κοντά του και σε γράμμα του περιγράφει την αναχώρηση του Γέροντα από το Νοσοκομείο:
«Σήμερα έφυγε και ο π. Παΐσιος από το νοσοκομείο. Είχε πολύ κόσμο και μας είπαν ότι θα έβγαινε στο σαλόνι για να ευλογήσει. Τελικά, εκείνη την ώρα έφευγε από το νοσοκομείο.
