Στις 4 Νοεμβρίου 1980, οκτώ περίπου μήνες πριν το θάνατό του κι ενώ βρισκόταν στις ΗΠΑ, ο Μπομπ Μάρλεϊ βαπτίστηκε στην Αιθιοπική Ορθόδοξη Εκκλησία με το όνομα Μπερχανέ Σελασιέ (Berhane Selassie = «Φως της Τριάδας»).
Η βάπτιση του Μάρλεϊ από τον αρχιεπίσκοπο της Αιθιοπικής Ορθόδοξης Εκκλησίας. Υποστηρίζεται ότι η μητέρα του, Σεντέλα Μπούκερ, τον πίεζε να βαπτιστεί, ενώ ο ίδιος αντιδρούσε όντας μέλος των Δώδεκα Φυλών, αλλά τελικά συμφώνησε υπό το φόβο του θανάτου και ως χάρη προς τη μητέρα του.
Σύμφωνα με τον αρχιεπίσκοπο της Αιθιοπικής Ορθόδοξης Εκκλησίας Abuna Yesehaq, ο Μάρλεϊ εκκλησιαζόταν κι επιθυμούσε να βαπτιστεί για μεγάλο διάστημα πριν το κάνει τελικά.
Αρκετοί Ρασταφαριανοί δυσαρεστήθηκαν με τη δημοσιοποίηση της βάπτισης, που επήλθε με την κηδεία του, ενώ μέλη των «Δώδεκα Φυλών» θεώρησαν τη βάπτισή του ως προδοσία κατά του κινήματος Ρασταφάρι.
Αντίθετα άλλοι συγγραφείς τη θεωρούν ως προσχώρηση σε ήδη υπάρχον κίνημα το οποίο διατηρούσε τις πολιτικές και κοινωνικές θέσεις και τα ιδιαίτερα πολιτιστικά χαρακηριστικά των Ράστα, ενώ παράλληλα τιμούσε τον αυτοκράτορα χωρίς να τον λατρεύει. Στο κίνημα αυτό ανήκαν και άλλα συγκροτήματα όπως οι Abyssinians, αλλά και τα περισσότερα μέλη της οικογένειας του Μάρλεϊ.
Πάντως, πολλά τραγούδια του Μάρλεϊ κάνουν αναφορές στη Βίβλο, μερικές φορές μέσα από λογοπαίγνια που συγχώνευαν τον ακτιβισμό και τη θρησκεία, όπως το «Revolution» και «Reveletion»:
Ο Μπομπ Μάρλεϊ έπαιξε την τελευταία του συναυλία στο Stanley Theater στο Πίτσμπουργκ της Πενσυλβάνιας στις 23 Σεπτεμβρίου 1980. Η ζωντανή εκτέλεση του «Redemption Song» στο Songs of Freedom ηχογραφήθηκε σε εκείνο το σόου. Μετέπειτα ο Μάρλεϊ αναζήτησε βοήθεια από τον ειδικευμένο Γερμανό (από το Μόναχο) Josef Issels αλλά ο καρκίνος του είχε ήδη προχωρήσει στο τελικό του στάδιο.
Καθώς επέστρεφε από την Γερμανία στο σπίτι του στη Τζαμάικα για τις τελευταίες του μέρες, ο Μάρλεϊ χρειάστηκε να προσγειωθεί στο Μαϊάμι για άμεση ιατρική περίθαλψη. Πέθανε στο νοσοκομείο Cedars of Lebanon στο Μαιάμι της Φλόριντα το πρωί της 11ης Μαΐου 1981 σε ηλικία 36 χρονών. Η εξάπλωση του μελανώματος στους πνεύμονες και τον εγκέφαλο του προκάλεσε το θάνατο.
Τα τελευταία του λόγια στον γιο του Ziggy ήταν «Money can’t buy life» («Τα λεφτά δεν αγοράζουν τη ζωή»)
