Ανήμερα της ενθρόνισής του το 2016, ο Αρχιεπίσκοπος Χρυσόστομος Β, τάφηκε – 16 χρόνια μετά – στην κρύπτη, που ο ίδιος επέλεξε όντας εν ζωή, με την Ιερά Συνοδό σύσσωμη, τα τρία του αδέρφια, Δημήτρη, Αντώνη και Μαρούλα κι άλλους συγγενείς και ιερωμένους, να τον συνοδεύουν για τον ύστατο αποχαιρετισμό.