Ανησυχία προκαλούν οι επιλογές της Ούρσουλα φον ντερ Λάιεν για τα άτομα που θα στελεχώσουν τη νέα Κομισιόν, κυρίως σε σχέση με τις επιπτώσεις για την Ελλάδα και την Κύπρο στη Μεσόγειο. Παρά το γεγονός ότι η Ελλάδα εξασφάλισε το χαρτοφυλάκιο Μεταφορών και Τουρισμού και η Κύπρος το χαρτοφυλάκιο Αλιείας και Ωκεανών, οι δύο χώρες αποκλείστηκαν από το νευραλγικό χαρτοφυλάκιο για τη Μεσόγειο, σε μια περίοδο που η Τουρκία αμφισβητεί τα κυριαρχικά τους δικαιώματα. Αντίθετα, η πρόεδρος της Κομισιόν φέρεται να υποστήριξε χώρες εντός ΕΕ που αντιτίθενται στη Ρωσία, αφήνοντας την Ελλάδα και την Κύπρο εκτεθειμένες στις προκλήσεις της Τουρκίας.
Η Κύπρος, ειδικά, επιδίωκε το χαρτοφυλάκιο της Μεσογείου ενόψει των κρίσιμων εξελίξεων για το Κυπριακό και την ενεργειακή διασύνδεση με Ελλάδα και Ισραήλ, αλλά το χαρτοφυλάκιο ανατέθηκε στην Κροατία, χώρα με περιορισμένη ναυτική και εμπορική δραστηριότητα στη Μεσόγειο. Επίσης, η επιλογή της Dubravka Šuica για τη θέση της Επιτρόπου Μεσογείου εγείρει ερωτήματα, λόγω αμφιλεγόμενων οικονομικών υποθέσεων και των συχνών ταξιδιών της, κάτι που εντείνει τις ανησυχίες για την κατεύθυνση της νέας Κομισιόν.