Στο πλαίσιο του Μνημονίου Συνεργασίας που υπέγραψε τον Σεπτέμβριο του 2021 το Ευρωπαϊκό Κέντρο Βυζαντινών και Μεταβυζαντινών Μνημείων με το Υπουργείο Πολιτισμού της Αλβανίας, με σκοπό τη συντήρηση των τοιχογραφιών, των μαρμάρινων μελών και του δαπέδου του Βυζαντινού ναού του Αγίου Νικολάου στον Μεσοπόταμο, πραγματοποιήθηκε το διάστημα 27 Αυγούστου έως και τις 20 Σεπτεμβρίου 2024 η πρώτη φάση των εργασιών συντήρησης.
Πραγματοποιήθηκαν διερευνητικές τομές στο σύνολο των επιφανειών του ναού μέχρι τη στάθμη των 8 μέτρων, εκτεταμένες επεμβάσεις καθαίρεσης των μεταγενέστερων επιχρισμάτων και ασβεστοχρισμάτων, καθώς και εργασίες οριοθέτησης, στερέωσης και επιφανειακής αφαλάτωσης.
Επιπλέον, εφαρμόστηκαν μη καταστρεπτικές απεικονιστικές και φασματοσκοπικές μέθοδοι διάγνωσης και τεκμηρίωσης για τον προσδιορισμό της φύσης των χρωστικών των διαφόρων φάσεων τοιχογράφησης, με ιδιαίτερα ενδιαφέροντα αποτελέσματα. Ενδιαφέρον στοιχείο αποτέλεσε το γεγονός ότι από τις εργασίες διερεύνησης αποκαλύφθηκε τοιχογραφικός διάκοσμος σε αρκετά μεγάλη έκταση, ιδίως στα δυτικά και νότια τμήματα του ναού, ο οποίος μέχρι πρότινος δεν ήταν ορατός.
