Σημαντική ήταν η βοήθειά της Ύδρας στον εθνικοαπελευθερωτικό Αγώνα του 1821. Η Επανάσταση βρίσκει την Ύδρα κάτοχο αμύθητου πλούτου από χρυσά νομίσματα της εποχής, αποτέλεσμα κυρίως της επιτυχημένης εμπλοκής της στο εμπόριο σίτου κατά τους Ναπολεόντειους πολέμους.
Ο στόλος της αριθμούσε 186 μικρά και μεγάλα πλοία συνολικής χωρητικότητας 27.736 τόνων δηλαδή ήταν διπλάσιος από αυτόν των Σπετσών που διέθεταν ως δύναμη 64 πλοία συνολικά 15.907 τόνων, ενώ τα Ψαρά διέθεταν 35-40 πλοία και η Κάσος 15.
Παράλληλα, τα πληρώματα είχαν αποκτήσει μεγάλη πολεμική εμπειρία λόγω των συγκρούσεων με πειρατές της Αλγερίας και έτσι δίκαια ο Ιμπραήμ αποκάλεσε την Ύδρα «Μικρή Αγγλία».
Οι προεστοί, τουλάχιστον από το 1820, είχαν μυηθεί από τη Φιλική Εταιρεία στο μυστικό της Επανάστασης. Όταν κηρύχθηκε η Επανάσταση στην Πελοπόννησο (24 Μαρτίου 1821), οι Υδραίοι και οι Σπετσιώτες ενημερώθηκαν με επιστολή από τους προύχοντες της Πελοποννήσου ότι η Επανάσταση άρχισε ενωρίτερα, γιατί το μυστικό είχε προδοθεί από «τουρκολάτρες», και ζητούν τη βοήθειά τους για ναυτικό αποκλεισμό του εχθρού.
Οι Σπετσιώτες ύψωσαν τη σημαία της Επανάστασης την 26η Μαρτίου, αλλά οι Υδραίοι φάνηκαν διστακτικοί στο να εξεγερθούν αμέσως, θυμούμενοι τις καταστροφές που είχαν πάθει κατά την προηγούμενη αποτυχημένη εξέγερση του 1770, και λαμβάνοντας υπόψη την στρατιωτική υπεροχή του εχθρού.
Τελικώς, κήρυξαν την επανάσταση στις 14 Απριλίου 1821 υπό τον Πλοίαρχο Αντώνιο Οικονόμου και τον λαό, όπου και έκαμψαν τις επιφυλάξεις των προκρίτων.
Η Ύδρα, μαζί με τις Σπέτσες και τα Ψαρά, έπαιξαν αποφασιστικό ρόλο στην Επανάσταση του 1821 διαθέτοντας τον εμπορικό και πολεμικό τους στόλο, αγωνιστές και χρήματα, στην υπηρεσία του Αγώνα.
Υδραίοι, όπως ο Ναύαρχος του τρινήσιου στόλου Ανδρέας Μιαούλης, ο Πλοίαρχος Αντώνιος Οικονόμου, οι ναυμάχοι Ιάκωβος και Μανώλης Τομπάζης, ο Αναστάσιος Τσαμαδός, ο Γ. Σαχτούρης, ο Γ. Σαχίνης, ο Αντώνης Κριεζής, οι Βώκοι μαζί με τους πυρπολητές Ι. Ματρόζο, Ανδρέα Πιπίνο και Βατικιώτη, έπαιξαν σημαντικότατο ρόλο στην Επανάσταση του 1821.
Ο Υδραϊκός στόλος, μαζί με το στόλο των Σπετσών και των Ψαρών, κυριάρχησε στην θάλασσα κατά τον επταετή αγώνα συμβάλλοντας έτσι αποφασιστικά στην απελευθέρωση της Ελλάδας, θυσιάζοντας παράλληλα ανθρώπινες ζωές, πλοία και χρήματα και αναδεικνύοντας ηγέτες και αγωνιστές.
