Σαν σήμερα το 1866 εκτυλίχθηκε η τελευταία πράξη του Ολοκαυτώματος της Μονής Αρκαδίου.
Πρόκειται για την κορυφαία πράξη του απελευθερωτικού αγώνα των Κρητών, μια ηρωική θυσία και το σημαντικότερο γεγονός της Κρητικής Επανάστασης του 1866.
Η Παγκρήτια Συνέλευση συνήλθε στα Χανιά στις 14 Μαΐου του 1866. Εκεί αποφασίστηκε πως η καταπίεση της τουρκικής διοίκησης θα έπρεπε να ανατραπεί. Έτσι αρχικά εστάλη αναφορά στον Σουλτάνο για μια σειρά από αιτήματα, όπως η βελτίωση του φορολογικού συστήματος, τον σεβασμό στη χριστιανική θρησκεία, στο δικαίωμα ο πληθυσμός να εκλέγει ελευθέρα τους δημογέροντές του αλλά και μια σειρά από μέτρα για την οικονομική ανάπτυξη του νησιού.
Ταυτόχρονα, έστειλε υπόμνημα σε Γαλλία, Αγγλία και Ρωσία γι αν μεσολαβήσουν για την ένωση με την Ελλάδα ή να μεσολαβήσουν για να δοθεί από τον Σουλτάνο «Οργανικός Νόμος». Στη συγκέντρωση βρέθηκε και ο Γαβριήλ Μαρινάκης, ηγούμενος της Μονής Αρκαδίου, που είχε μετατραπεί εκείνη την εποχή σε επαναστατικό κέντρο.
Οι Μεγάλες Δυνάμεις δεν έδωσαν σημασία. Η ελληνική κυβέρνηση δήλωσε ουδετερότητα. Μόνο η Ρωσία κινήθηκε ελαφρώς. Αλλά η βοήθεια ουσιαστικά δεν ήρθε από πουθενά. Κι έτσι οι Κρητικοί αποφάσισαν να ξεσηκωθούν, υψώνοντας τη σημαία της επανάστασης στις 21 Αυγούστου του 1866. Το σύνθημα ήταν «Ένωση ή Θάνατος». Στην Ελλάδα συγκροτήθηκαν άμεσα εθελοντικές ομάδες που βοήθησαν του Κρητικούς με χρήματα τρόφιμα και άλλα εφόδια.
Εννέα ημέρες μετά, ο Σουλτάνος θορυβημένος έστειλε στην Κρήτη τον Μουσταφά Ναϊλή Πασά για να καταστείλει την εξέγερση, απορρίπτοντας νωρίτερα όλα τα αιτήματα των Κρητικών. Ο συγκεκριμένος πασάς έφερε το προσωνύμιο Γκιριτλί (Κρητικός), επειδή είχε συντελέσει στην κατάπνιξη της επανάστασης του 1821 στην Κρήτη. Αρχικά θέλησε να αποφύγει τη σύρραξη και προσπάθησε να πείσει τους επαναστάτες να σταματήσουν. Όταν εκείνοι αρνήθηκαν άρχισε να σχεδιάζει την κατάπνιξη της επανάστασης.
Τους επόμενους δυο μήνες προέβη σε εκκαθαριστικές επιχειρήσεις στα Χανιά και ύστερα στράφηκε στη Μονή Αρκαδίου στο Ρέθυμνο, την έδρα της τοπικής επαναστατικής επιτροπής, αποθήκη πολεμοφοδίων και τροφίμων και καταφύγιο χριστιανών.
Ο Μουσταφά Πασάς έφτασε εκεί στις 6 Νοεμβρίου. Μαζί του είχε 15 χιλιάδες άνδρες που αποτελούνταν από Τούρκους, Αιγύπτιους, Αλβανούς και Τουρκοκρητικούς. Μέσα στη Μονή βρίσκονταν 966 άνθρωποι, από τους οποίους μόνο 250 ήταν ετοιμοπόλεμοι. Οι προτάσεις για παράδοση απορρίφθηκαν και δυο ημέρες αργότερα ξεκίνησε η μάχη.
Την πρώτη μέρα δεν κατάφεραν να την καταλάβουν. Ζήτησαν ενισχύσεις και μετέφεραν και ένα μεγάλο πυροβόλο όπλο από το Ρέθυμνο. Στις 9 Νοεμβρίου το δυτικό τείχος έπεσε και οι εχθροί εισέβαλλαν στο μοναστήρι.
Η επόμενη και τελευταία πράξη του δράματος γράφτηκε στην μπαρουταποθήκη, μια ένδοξη στιγμή της ελληνικής ιστορίας. Ο Κωστής Γιαμπουδάκης ή κατ’ άλλους ο Εμμανουήλ Σκουλάς την ανατίναξε, σκοτώνοντας όχι μόνο όσους είχαν βρει καταφύγιο εκεί, αλλά και τους εισβολείς. Οι υπόλοιποι όρμηξαν για να κατασφάξουν όποιον είχε απομείνει όρθιος.
Μόνο 3 ή 4 Έλληνες κατάφεραν να διαφύγουν, ενώ περίπου 100 αιχμαλωτίστηκαν. Ο νεκροί και τραυματίες του στρατού του Μουσταφά έφτασαν από 1.500 μέχρι και 3.000, σύμφωνα με διάφορους υπολογισμούς. Το Ολοκαύτωμα της Μονής Αρκαδίου, όπως και η Καταστροφή των Ψαρών, η Σφαγή της Χίου και η Έξοδος του Μεσολογγίου, συγκίνησε ολόκληρο τον χριστιανικό κόσμο και ακόμα ένα κύμα φιλελληνισμού δημιουργήθηκε στην Ευρώπη. Μεταξύ τους ήταν ο Τζουζέπε Γκαριμπάλντι και ο Βίκτορ Ουγκώ, ενώ ξένοι εθελοντές έφυγαν αμέσως για την Κρήτη.
Η επανάσταση έσβησε τρία χρόνια αργότερα, αλλά ο Σουλτάνος ήξερε ότι δεν θα μπορούσε πια να υποτάξει πλήρως του Κρητικούς. Ύστερα από πίεση και τον Μεγάλων Δυνάμεων, παραχώρησε τον «Οργανικό Νόμο», ένα είδος συντάγματος, που έδινε προνόμια στους χριστιανούς και έδινε ημιαυτονομία στο νησί. Η ένωση της Κρήτης με την Ελλάδα ήρθε 43 χρόνια αργότερα, το 1912.
