Αν και το Συμβούλιο της Επικρατείας (ΣτΕ) απέρριψε την αίτηση που είχαν καταθέσει Παμμακεδονικές Οργανώσεις και ζητούσαν να ανασταλεί η συμφωνία των Πρεσπών για το Σκοπιανό ωστόσο ισχυρίζεται στο σκεπτικό του ότι αναστρέφεται νομικά η υπογραφή της κυβέρνησης για την εκχώρηση της Μακεδονίας
Όπως αναφέρεται στο κείμενο της απόφασης του ΣτΕ, σε περίπτωση που η συμφωνία δεν τεθεί σε ισχύ, τόσο στο σύνολό της όσο και «ως προς τις διατάξεις της ξεχωριστά, δεν θα δεσμεύει οποιοδήποτε από τα μέρη με οποιονδήποτε τρόπο».
Σχετικά με τους ισχυρισμούς των οργανώσεων ότι γνωστοποίηση στο ΝΑΤΟ και την Ευρωπαϊκή Ένωση ότι η Ελληνική Δημοκρατία υποστηρίζει την ένταξη της ΠΓΔΜ στους οργανισμούς αυτούς, «θα δημιουργηθεί μια κατάσταση, η οποία θα φέρει το Ελληνικό κοινοβούλιο προ τετελεσμένου γεγονότος, όταν κληθεί να κυρώσει τις πράξεις ένταξης, καθώς θα ελλοχεύει ο κίνδυνος της διεθνούς ευθύνης της χώρας, αν δεν το πράξει», οι σύμβουλοι Επικρατείας απαντούν ότι ανεξαρτήτως του εννόμου συμφέροντος των αιτούντων δεν προκύπτει ότι οι εν λόγω διαδικασίες θα έχουν ολοκληρωθεί, πριν από τη θέση της συμφωνίας σε ισχύ, ούτε ότι θα έχουν δημιουργηθεί μη αντιστρεπτές νομικές καταστάσεις.
Αυτή είναι και η ουσία του σκεπτικού του ΣτΕ αφού αφήνει ένα «παράθυρο» ότι μια μιη εφαρμογή της συμφωνίας δεν δεσμεύει νομικά την χώρα.
Παράλληλα, αναφέρει το ΣτΕ ότι οι Παμμακεδονικές Οργανώσεις υποστηρίζουν ότι είναι άμεσος ο κίνδυνος απώλειας της ονομασίας «Μακεδονικός» για τα ελληνικά προϊόντα, οι δε οικονομικές συνέπειες στα προερχόμενα από τη Μακεδονία ελληνικά προϊόντα θα είναι δυσθεώρητες και είναι βέβαιο ότι θα υπάρξουν αμφισβητήσεις Ελληνικών σημάτων και επωνυμιών προϊόντων και επιχειρήσεων.
Όμως, στην απόφαση τους αναφέρουν ότι «ο ισχυρισμός αυτός, αναφερόμενος, μάλιστα, σε ενδεχόμενες, μελλοντικές και αβέβαιες καταστάσεις, που άλλωστε δεν προκαλούνται ευθέως από το κείμενο της συμφωνίας, είναι, εν πάση περιπτώσει, απορριπτέος -πέραν της αοριστίας του- ως προβαλλόμενος εκ συμφέροντος τρίτου, δεδομένου ότι οι αιτούντες ούτε προβάλλουν ούτε προκύπτει ότι έχουν ορισμένο νομικό δεσμό με συγκεκριμένο προϊόν, σήμα ή επιχείρηση που πλήττεται άμεσα από την εφαρμογή των όρων της συμφωνίας».
Παράλληλα, υποστηρίζουν οι οργανώσεις ότι η προσωρινή εφαρμογή της συμφωνίας θα έχει ως άμεση συνέπεια την αναθεώρηση των σχολικών εγχειριδίων προς την κατεύθυνση της παραποίησης της Ελληνικής ιστορίας.
Όμως, το ΣτΕ απάντησε ότι η συνέπεια αυτή «είναι μελλοντική και αβέβαιη, προεχόντως διότι δεν προκύπτει ότι επίκειται οπωσδήποτε η αναθεώρηση των σχολικών εγχειριδίων, πολύ περισσότερο δε, προς ποιά κατεύθυνση θα κινηθεί αυτή, εφόσον κριθεί αναγκαία από τη διεπιστημονική επιτροπή που θα συγκροτηθεί»
