Το θέμα της μισθοδοσίας των κληρικών από τις Μητροπόλεις φαινομενικά δεν έχει άμεση σχέση, αλλά όταν γίνει πραγματικότητα η συμφωνία, οι μουφτήδες δηλαδή οι μουσουλμάνοι ιεροδιδάσκαλοι που είναι υπάλληλοι ιδιωτικού δικαίου ορισμένου χρόνου του υπουργείου Παιδείας, θα είναι σε καλύτερο εργασιακό καθεστώς από τους ιερείς της Εκκλησίας και φυσικά από τους καθολικούς ιεροδιδασκάλους που είναι δημόσιοι υπάλληλοι.
Εάν ισχύσουν και για τους μουσουλμάνους κληρικούς όσα προβλέπονται στη συμφωνία Τσίπρα-Ιερώνυμου για τους τους κληρικούς της Εκκλησίας της Ελλάδος, κύκλοι που γνωρίζουν καλά τα εκκλησιαστικά πράγματα μιλούν για νομιμοποίηση του όποιου συστήματος χρηματοδότησης του Ισλάμ στη Θράκη, εκφράζοντας φόβους ότι το ίδιο θα γίνει και στην Αθήνα. Οι ίδιοι κύκλοι διερωτώνται «αν το κράτος “απομακρυνθεί” ποιος θα καλύψει το όποιο κενό».