Κατά το παρελθόν οι κάτοικοι της Πελοποννήσου πραγματοποιούσαν σε αυτήν τις θυσίες προς τιμήν του θεού Ποσειδώνα, πράξη που κατά πάσα πιθανότητα προσέδωσε στο νησί την ονομασία Σφακτηρία.
Η ιστορία της μεγάλη, ξεκινά από τους Ομηρικούς χρόνους, όπου στο βόρειο άκρο της βραχονησίδας υπήρχε το φρούριο του μυθικού βασιλιά της Πύλου, Νέστορα, ενώ κατά τον Πελοποννησιακό πόλεμο στο νησί πραγματοποιήθηκαν αιματηροί αγώνες μεταξύ των Σπαρτιατών και των Αθηναίων.
Στη νεότερη ιστορία τώρα, τον Απρίλιο του 1825 διεξήχθη στο νησί η Ναυμαχία του Ναβαρίνου, όπου οι Έλληνες και οι Φιλέλληνες Ευρωπαίοι υπό την ηγεσία του Μαυροκορδάτου, πολέμησαν εναντίων των Τουρκοαιγυπτίων του Ιμπραήμ, σε μια άνιση μάχη που έληξε με ήττα των Ελληνικών δυνάμεων και με θάνατο του Υδραίου αγωνιστή Αναστάσιου Τσαμαδού, του Σαχίνι και του Ιταλού φιλέλληνα κόμη Σαντόρε Σανταρόζα.
Στο εσωτερικό του νησιού εν έτη 1997 κατασκευάστηκε σύμφωνα με τους κανόνες της ρωσικής αρχιτεκτονικής νοοτροπίας, εξ ολοκλήρου από ξύλο των δασών της Σιβηρίας, η ξύλινη εκκλησία του Αγίου Νικολάου, αφιερωμένη στους Ρώσους νεκρούς της ναυμαχίας, αλλά και μνημείο πεσόντων αφιερωμένο σε όλους όσους έχασαν τη ζωή τους στη μάχη. Εξαιτίας της υγρασίας στο νησί, η εκκλησία κινδυνεύει να καταρρεύσει, και γι αυτό αποφασίστηκε η αναστήλωσή της.
Πλησίον του ρώσικου ναού υπάρχει ένα ακόμα εκκλησάκι, ο ιερός ναός της Αναλήψεως, γνωστός και ως Παναγούλα, ο οποίος κατά την παράδοση ανοικοδομήθηκε κατά τους βυζαντινούς χρόνους από μια μοναχή. Το 1825 ο ναός καταστράφηκε ολοσχερώς και χτίστηκε εκ νέου μετά την Απελευθέρωση.
Οι εγκαταστάσεις των δεξαμενών αποθήκευσης υγρών καυσίμων στο εσωτερικό του νησιού έχουν σταματήσει να λειτουργούν από το 1988, ωστόσο πολλές ήταν οι εταιρείες πετρελαιοειδών που δήλωσαν το ενδιαφέρον τους για την αγορά μέρους του νησιού κατά το παρελθόν, χωρίς όμως αποτέλεσμα.
