Ήταν 1η Νοεμβρίου 2011, όταν έγινε γνωστή η απόφαση του ΚΥΣΕΑ: Α/ΓΕΕΘΑ ανέλαβε εκείνη την ημέρα, απ΄ ευθείας από το Γ΄ΣΣ, ο Μιχάλης Κωσταράκος! Η επιλογή του τότε ΥΕΘΑ Πάνου Μπεγλίτη προκάλεσε πολλές αντιδράσεις και συζητήσεις κυρίως επειδή πολλοί αντιστράτηγοι “φαγώθηκαν” για να γίνει ο Κωσταράκος Α/ΓΕΕΘΑ. Η επιλογή αιτιολογήθηκε από το περιβάλλον του κ.Μπεγλίτη: “Θα προχωρήσει την αναδιοργάνωση των ΕΔ”.
Ο Πάνος Μπεγλίτης είχε πειστεί σε μια συνάντηση που είχε με τον Μ.Κωσταράκο σε συνάντηση που είχε μαζί του στη Θεσσαλονίκη, λίγες ημέρες πριν τη συνεδρίαση του ΚΥΣΕΑ και την απόφαση επιλογής του. Δεν χρειάστηκε να περάσει μεγάλο χρονικό διάστημα για να καταλάβει ο Π. Μπεγλίτης ότι οι διαβεβαιώσεις που του είχε δώσει για την αναδιοργάνωση δεν θα προχωρούσαν.
Ο Μ.Κωσταράκος παρέμεινε Αρχηγός επί όλων των κυβερνήσεων που ακολούθησαν μετά από την πτώση της κυβέρνησης του Γιώργου Παπανδρέου. Ήταν Αρχηγός ΓΕΕΘΑ την εποχή της λαίλαπας των περικοπών επί κυβέρνησης Σαμαρά-Βενιζέλου. Αλλά και οι Τσίπρας-Καμμένος τον διατήρησαν στη θέση του παρά το γεγονός ότι είχε επιλέξει να παραστεί σε μνημόσυνο στο Γερμανικό νεκροταφείο στο Διόνυσο, κάτι που δεν είχε γίνει ποτέ από κανέναν Α/ΓΕΕΘΑ.
Στις 15 Σεπτεμβρίου 2015 αποστρατεύθηκε με τον τίτλο του επίτιμου Αρχηγού Γενικού Επιτελείου Εθνικής Αμύνης. Αυθημερόν ανακλήθηκε στην ενεργό υπηρεσία προκειμένου να αναλάβει στις 6 Νοεμβρίου 2015 για τα επόμενα 3 χρόνια την προεδρία της Στρατιωτικής Επιτροπής της Ευρωπαϊκής Ένωσης.
ΔΕΙΤΕ ΤΟ ΠΡΟΕΔΡΙΚΟ ΔΙΑΤΑΓΜΑ