Aπό το μακρινό 1700 έως και το 1957 αυτό το σύμπλεγμα νησιών χρησίμευε ως φυλακή για τους πιο επικίνδυνους και περιβόητους εγκληματίες. Στα βορειοανατολικά της Βραζιλίας, αποτέλεσμα ηφαιστεικών εκρήξεων, το Fernando de Noronha ανακαλύφθηκε στις αρχές του 16ου αιώνα και χρησιμοποιήθηκε τόσο από Δανούς όσο και από Πορτογάλους αποικιοκράτες. Ωστόσο, όλα άλλαξαν όταν αποτέλεσε για πρώτη φορά τόπο φυλάκισης για τους πιο επικίνδυνους και περιβόητους εγκληματίες.
Ο ρόλος αυτός του νησιωτικού συμπλέγματος καταργήθηκε το 1957, ωστόσο μέχρι και σήμερα οι επισκέπτες μπορούν να βρουν εκεί απομεινάρια των κτιριακών εγκαταστάσεων. Παραμένει αρκετά απομονωμένο από τον «πολιτισμό». Χαρακτηριστικό παράδειγμα είναι ότι όταν η Βραζιλία ανακήρυξε την ανεξαρτησία της από την Πορτογαλία το 1822, πέρασαν δύο χρόνια για να φτάσουν τα νέα στο Fernando de Noronha.
Αποτελεί Μνημείο Πολιτιστικής Κληρονομιάς της Unesco, ενώ συνιστά τον πιο δημοφιλή προορισμό για σερφ και καταδύσεις στη Λατινική Αμερική.
