Πολιτικές σκοπιμότητες κρύβονται πίσω από την απομάκρυνση του από την προεδρία και τη γενική διευθυνση της ΝΕΡΙΤ όπως καταγγέλλει ο Γιώργος Προκοπάκης σε προσφυγή του στο Συμβούλιο της Επικρατείας. Ο κ. Προκοπάκης χαρακτηρίζει την παύση του – ένα 24ωρο από τον μετασχηματισμό της ΔΤ σε ΝΕΡΙΤ- παράνομη και αντισυνταγματική.
Ο πρώην πρόεδρος μιλά για συγκεκριμένα πρόσωπα και πρακτικές και καταγράφει «καυτές» λεπτομέρειες και διαλόγους, ενώ κάνει λόγο για παρασκηνιακές ζυμώσεις που υπήρχαν τόσο ως προς την διοίκηση, όσο και προς την επιλογή των προγραμμάτων, εκπομπών, υπαλλήλων. Ισχυρίζεται, μάλιστα, πως ο λόγος της απομάκρυνσής του, ήταν κομματικές σκοπιμότητες και η εξυπηρέτηση συμφερόντων .
Όπως αναφέρει χαρακτηριστικά τα συμφέροντα που επέβαλαν την απομάκρυνση του, αντιτίθονταν στις αντιλήψεις της κομματικής ιδεολογίας στη στελέχωση του δυναμικού και την κατάρτιση του προγράμματος. Χαρακτηρίζει δε παράνομο τον διορισμό του νέου προέδρου και διευθύνοντα συμβούλου της ΝΕΡΙΤ Αντώνη Μακρυδημήτρη.
Ο Γιώργος Προκοπάκης διορίστηκε στις 3.10.2013 και με ομόφωνη απόφαση του Εποπτικού Συμβουλίου της ΝΕΡΙΤ μία ημέρα μετά την εκπομπή σήματος του νέου φορέα (5.5.2014) παύθηκε από τα καθήκοντά του.