Η 331 Μοίρα ιδρύθηκε στις 18 Απριλίου 1988, με σκοπό την παραλαβή των τότε νεοαποκτηθέντων αεροσκαφών Mirage 2000 EGM/BGM από την ΠΑ. Έμβλημα της Μοίρας είναι ο αρχαίος ήρωας Θησέας.
Τα πρώτα αεροσκάφη προσγειώθηκαν στην αεροπορική βάση της Τανάγρας στις 27 Απριλίου 1988 και αμέσως άρχισε η εκπαίδευση των πρώτων Ιπταμένων από Γάλλους εκπαιδευτές. Σε σύντομο χρονικό διάστημα η Μοίρα στελεχώθηκε από έμπειρους Ιπταμένους μαχητικών αεροσκαφών, οι οποίοι επελέγησαν από διάφορες Μοίρες της ΠΑ.
Ο κύριος ρόλος της 331 Μοίρας είναι η αναχαίτιση παντός καιρού.
