Μια μέρα σαν τη σημερινή το 1941 τα γερμανικά στρατεύματα μπαίνουν θριαμβευτικά στην Αθήνα και η Πηνελόπη Δέλτα αποφασίζει να βάλει τέλος στη ζωή της.
Η σημαντική Ελληνίδα συγγραφέας παίρνει δηλητήριο, καταπονημένη σωματικά και ψυχολογικά και θα πεθάνει πέντε ημέρες αργότερα. Η «Κυρία με τα Μαύρα» πάσχει από σκλήρυνση κατά πλάκας που την ταλαιπωρεί για πολλά χρόνια, ενώ επί 17 χρόνια έχει βυθιστεί στο πένθος θρηνώντας την απώλεια του Ίωνα Δραγούμη, του μεγάλου έρωτα της ζωής της. Σε σημείωμα που άφησε στους αγαπημένους της έγραψε: «Παιδιά μου, ούτε παπά, ούτε κηδεία. Παραχώστε με σε μια γωνιά του κήπου, αλλά μόνο αφού βεβαιωθείτε ότι δεν ζω πια. Φροντίστε τον πατέρα σας. Τον φιλώ σφιχτά. Π.Σ. Δέλτα». Στην ταφή της, στον κήπο της Κηφισιάς, ιερουργεί μόνος ο παλιός φίλος Αρχιεπίσκοπος Χρύσανθος. Στον τάφο της, στον κήπο του σπιτιού της, χαράχτηκε η λέξη «Σιωπή».
Η Πηνελόπη Δέλτα ήταν συγγραφέας έργων για παιδιά και νέους, αλλά και προσωπικότητα με ζωηρή συμμετοχή στα εθνικά θέματα και τα γεγονότα του καιρού της, προτού θέσει τέλος στη ζωή της το 1941. Πλούτισε την παιδική και νεανική λογοτεχνία με πρωτότυπα παραμύθια («Η καρδιά της βασιλοπούλας», «Παραμύθι χωρίς όνομα») και ιστορικά μυθιστορήματα («Για την Πατρίδα», «Τον καιρό του Βουλγαροκτόνου», «Ο Μάγκας», «Τα μυστικά του Βάλτου»), εμπνευσμένα από τη ζωή του Ελληνισμού.
Στο πεζογραφικό έργο της προσπάθησε να επιτύχει τόσο την ψυχαγωγία των μικρών αναγνωστών της, όσο και την ιστορική και ηθική διαπαιδαγώγησή τους. Το πατριωτικό αίσθημα, το καθήκον προς την πατρίδα, ο ηρωισμός, η θυσία, η ειλικρίνεια και η τιμιότητα είναι οι αξίες που κυριαρχούν στα μυθιστορήματα, τα διηγήματα και παραμύθια της. Η έμπνευσή της είναι αβίαστη, η γλώσσα ομαλή, πλούσια και ζωντανή δημοτική και το ύφος της απλό.
Παράλληλα με τη λογοτεχνία η Πηνελόπη Δέλτα ασχολήθηκε και με τις παιδαγωγικές μελέτες και το 1910 εξέδωσε το βιβλίο «Στοχασμοί περί της ανατροφής των παιδιών μας». Εξίσου σημαντικό είναι το ιστορικό ερευνητικό της έργο, που οδήγησε στη συγκέντρωση πολύτιμου αρχειακού υλικού για την ελληνική ιστορία, ενώ ένα σημαντικό μέρος από το σύνολο του έργου της καλύπτει η αλληλογραφία της με εξέχουσες προσωπικότητες της πολιτικής και των γραμμάτων.
