Σαν σήμερα Μεγάλη Πέμπτη του 1910, ο Περικλής Γιαννόπουλος δημιούργησε καί εκτέλεσε τό τελευταίο έργο του -κατά πολλούς τό αποκορύφωμα τού έργου του. Όπως είχε προσχεδιάσει μέ κάθε λεπτομέρεια πολύ καιρό πρίν, στεφανωμένος, γυμνός, καβάλησε τό άσπρο άλογό του καί μπήκε μαζί του στήν θάλασσα τού Σκαραμαγκά. Μέ μία σφαίρα στό κεφάλι, ενώθηκε γιά πάντα μέ τήν ελληνική φύσι πού τόσο είχε αγαπήσει. Προηγουμένως είχε κάψει πολλά ανέκδοτα έργα του (κατά μαρτυρίες μιά ολοκληρωμένη εργασία περί αρχιτεκτονικής, καθώς καί διηγήματα φαντασίας), λέγοντας ότι αφού η Ελληνική Φύσις τά ενέπνευσε στόν ίδιο, θά τά ενέπνεε καί σέ άλλους στό μέλλον. Τό νεκρό σώμα του τό έβγαλαν τά κύματα στήν στεριά δέκα μέρες μετά. Πρίν ταφεί, δύο άγνωστες κυρίες, σάν νύμφες τής Αττικής γής, στόλισαν τόν νεκρό μέ λουλούδια (όπως έγινε πολύ αργότερα γνωστό, ήταν η Σοφία Λασκαρίδου).
Ο θάνατος -ο τρόπος μάλιστα τού θανάτου- τού Περικλή Γιαννόπουλου συγκλόνισε τήν κοινωνία καί τόν τύπο τής εποχής, τόσο πού δέν είχε γίνει γιά τά έργα του όσο ζούσε. Επί πολλές ημέρες δημοσιεύονταν λεπτομέρειες γιά τόν τρόπο τού θανάτου του καί περιστατικά από τήν ζωή του, ενώ ποιητές όπως ο Παλαμάς, ο Σικελιανός, ο Μαλακάσης καί η Μυρτιώτισσα τού αφιέρωσαν ποιήματα.
Γιά τήν ημερομηνία τής αυτοκτονίας του επίσης δέν υπάρχει απόλυτη βεβαιότητα. Ο Ίων Δραγούμης, στήν εγγραφή τής 10ης Απριλίου 1910 στό ημερολόγιό του, σημειώνει ότι «ο Γιαννόπουλος σκοτώθηκε προχτές τήν Πέμπτη (8 Απριλίου 1910) στή θάλασσα». Τήν 8η Απριλίου ο Δραγούμης είχε λάβει ταχυδρομικώς τήν επιστολική κάρτα τού Γιαννόπουλου μέ τήν φράσι «Τί κρίμα νά μή Σάς ιδώ. Φεύγω γιά Θεσσαλίες. Τί κρίμα!» Ο Στέφανος Μπεκατώρος σημειώνει: «Ως πρός τό ζήτημα τής ακριβούς ημερομηνίας πού έκαμε τό θαλάσσιο ταξίδι του ο Περικλής, υπάρχουν τά εξής δεδομένα: Είναι γνωστό ότι εξαφανίσθηκε από τήν Αθήνα τό πρωί τής Πέμπτης (αυτό είναι σχεδόν βέβαιο). Τό γεγονός ότι ο Δραγούμης έλαβε τήν ίδια ημέρα τήν επιστολική κάρτα μέ τό ανάγλυφο τού Παρθενώνα, σημαίνει ότι ο Γιαννόπουλος τό ταχυδρόμησε τίς προηγούμενες ημέρες. Τήν ίδια ημέρα, τήν Πέμπτη, έφθασε στόν Σκαραμαγκά υπό βροχήν, όπως έγραψε η εφημ Εστία (12 Απριλίου 1910). Ύστερα από σύντομη παραμονή, επήρε τό λευκό του άλογο καί έφυγε γιά τήν θάλασσα, από τήν οποία εκβράσθηκε ύστερα από 12 ημέρες (στίς 20 τού μηνός). Από δύο επιστολές πού είχε αφήσει στήν ακτή έγινε, από κάποιους πού τίς βρήκαν, γνωστή η αυτοκτονία του τήν ίδια ημέρα ή τήν επομένη καί ανακοινώθηκε σέ συγγενή του, ο οποίος επειδή δέν ήταν απολύτως βέβαιος καθυστέρησε νά ενημερώσει καί τούς άλλους συγγενείς καί τούς φίλους στήν Πάτρα καί στήν Αθήνα. (…) Από όλα αυτά τά στοιχεία προκύπτει ότι η αυτοκτονία έγινε τήν Πέμπτη 8 Απριλίου. Ωστόσο, τρείς εγκυκλοπαίδειες, όπου ανέτρεξα, αναγράφουν ως ημερομηνία θανάτου τήν 10η Απριλίου. Νομίζω πώς είναι λαθεμένη καί ότι η ημερομηνία πού δίνει ο Δραγούμης καί ο τύπος τής εποχής είναι ορθή.»
Ο Πέτρος Χαρτοκόλλης, πάλι, σημειώνει: «Κατά τόν Ίωνα Δραγούμη, ο Γιαννόπουλος αυτοκτόνησε τήν Πέμπτη, 8 Απριλίου 1910. Κατά τήν εφημερίδα Εστία (12 Απριλίου 1910), ο Γιαννόπουλος σχεδίαζε ν᾿ αυτοκτονήσει τήν ημέρα εκείνη, Μεγάλη Πέμπτη, αλλά γιά ν᾿ αποφύγει τόν ερχομό τού θείου του από τήν Πάτρα, πού είχε ανησυχήσει, επιτάχυνε τήν ημέρα τής αυτοκτονίας του, πού πρέπει νά ήταν η Τετάρτη 7 Απριλίου.»