Αναστάτωση έχει προκαλέσει το Προεδρικό Διάταγμα για το νέο Οργανισμό του υπουργείου Υγείας που υπογράφει ο υπουργός Ανδρέας Ξανθός (ΦΕΚ 148/Α/9.10.2017) με το οποίο ουσιαστικά τίθεται σε κίνδυνο η διοικητική και οικονομική αυτοτέλεια του ΕΟΠΥΥ και υπάγεται ο Οργανισμός στον εκάστοτε υπουργό.
Το Προεδρικό Διάταγμα έχει δημοσιευτεί σε ΦΕΚ, και τίθεται σε ισχύ από σήμερα Παρασκευή.
Πάντως, σύμφωνα με πηγές από το υπουργείο, πρόκειται για νομοθετικό λάθος το οποίο επιχειρείται να επιλυθεί μέσω νομικών υπηρεσιών του υπουργείου και του ΕΟΠΥΥ. Όπως διαρρέεται, δεν υπήρχε πότε πρόθεση κατάργησης της αυτοτέλειας του Οργανισμού.